Secara historis, Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Katolik Indonesia Santu Paulus Ruteng dimulai ketika didirikannya Program Studi Agronomi dan Sosial Ekonomi Pertanian pada 20 Mei 2019.

Kedua program studi pertanian ini digabung bersama 3 program studi dari STIKES Santu Paulus Ruteng. Lima Program Studi ini digabung dalam satu fakultas yang diberi nama Fakultas Ilmu kesehatan dan Pertanian (FIKP)

Pada tahun 2021, FIKP kemudian dipisah lagi menjadi dua fakultas yakni FIKES (Fakultas Ilmu Kesehatan) dan FPP (Fakultas Pertanian dan Peternakan), sejalan dengan dibukanya Program Studi Peternakan.

FPP pernah berubah nama menjadi Fakultas Pertanian, Peternakan, dan Teknologi (FPPT) pada saat pembentukan prodi Teknik sipil. Namun pada bulan Januari 2022 Fakultas Teknik berdiri sendiri, sehingga Fakultas Pertanian dan Peternakan kembali menjadi FPP.